Der Altar und die Kanzel sind Arbeiten des Stralsunder Bildhauers Johann Wendt aus den Jahren 1700 und 1702. Der Altaraufsatz ist zweigeschossig mit gewundenen Säulen, Akanthusdekor und Relief. Abendmahl, Kreuzigung und Auferstehung sind dargestellt, umrandet von Medaillons mit Passionsszenen, seitlichen Figuren, Petrus und Paulus sowie zwei Engeln. In der Bekrönung über allem sichtbar der himmelfahrende Christus mit Aposteln. Die Kanzel erhebt sich über der Mosesfigur. Das Portal ist mit gewundenen Säulen verziert. Zahlreiche Reliefs in geschnitzter Akanthusrahmung und am Korb Szenen aus dem Leben Jesu zieren die Kanzel. Auf dem Schalldeckel steht ein Aufsatz mit alttestamentlichen Szenen und Figuren, bekrönt von der Madonna mit dem Kind. Am Portal sind der Gute Hirte und Apostel dargestellt und am Aufgang die Evangelisten Markus und Matthäus.
Die Orgel wurde von Friedrich A. Mehmel 1870 gebaut.
Nach der Visitationsurkunde von 1678 wurde - den angegeben Maßen entsprechend - ein jetzt in der südlichen Turmhalle befindliches Kruzifix gestiftet. Die Datierung des Bildwerkes ist umstritten. Der Faltenwurf des Lendentuches der Christusfigur lässt barocke Züge erkennen, während das in der Größe nicht ganz dazu passende Kreuz nach seinen Stilelementen in das 16. Jahrhundert zu gehören scheint. Eine heute verschwundene, ehemals unter dem Kreuz befindliche Inschrifttafel besagte: "Dieses hat zu Gottes Ehrn und der Kirchen zur Zirde geschenkt Tiet Fax, von seinen nachkommen haben solches wieder erneuern lassen Jochen Fax und Hinrich Fax 1757". (Foto im Landesamt für Kultur- und Denkmalpflege). In der Kirche befinden sich außerdem Pult- und Taufengel vom Anfang und ein Kronleuchter aus der Mitte des 18. Jahrhunderts.
Es ist nur noch eine der beiden Glocken erhalten. Sie stammt von 1864 von Simon Zach aus Stralsund.
Der Taufengel der Kirche zu Groß Mohrdorf war einer der schönsten Taufengel in Nordvorpommern und wurde von Elias Kessler (1685-1730), zweifellos dem berühmtesten Bildhauer Stralsunds gearbeitet. Der Engel kam 1724 in die Kirche zu Groß Mohrdorf und hing vor dem Altar, bis er im Jahre 1945 herabstürzte und stark beschädigt wurde. Viele Jahre lagerte er im nördlichen Seitenschiff. 2009 wurde er ausgelagert. Nach Konservierung in der Hochschule für Bildende Künste Dresden wurde er ergänzt und an alter Stelle wieder aufgehängt. Er ist zweifellos einer der schönsten Taufengel in Vorpommern.