Die fünf einbahnigen Spitzbogenfenstern des Chores wurden 1894 mit Glasmalereien ausgestattet (Königliches Institut für Glasmalerei Berlin-Charlottenburg), von denen noch vier am Ort vorhanden sind. Die Reste des Fensters sIII sind ausgebaut und gesichert worden. Die Fensteröffnung ist zurzeit mit einer einfachen Rautenverglasung verschlossen.
Das Chorfenster I ist durch den Altar verdeckt. Es hat daher nur eine einfache Rautenverglasung in grünlichem Kathedralglas mit umlaufender Perlband- und Blütenbordüre, wie bei den Fenstern nII und sII.
Fenster nII und sII: Auf leicht grünlichen Antikgläsern ein Rauten- und Teppichmuster aus Blattwerk in dem jeweils vier Rauten um eine zentrale Blütenrosette zu einem Vierblatt zusammengefasst werden. Die Vierblätter werden durch einen schmalen Streifen hinterlegten Silbergelbs zusätzlich betont. Die umlaufende Blütenbordüre ist in zwei blaue Randstreifen eingelegt, von denen der äußere als durchlaufender Perlstab, der innere durch senkrecht radierte Linien in Schwarzlotüberzug ausgeführt ist.
Das Fenster nIII zeigt in einem Architekturtabernakel mit Wimpergbekrönung und darüber angeordneter hochgotischer Fassadenarchitektur den Evangelisten Johannes nach dem 1526 entstandenen Tafelgemälde (Diptychon) der vier Apostel von Albrecht Dürer (München, Alte Pinakothek). Die Ganzfigur des Evangelisten Johannes steht auf Fliesenboden unter einem Mehrpassbogen. Den Hintergrund bildet ein rankengemusterter Teppich mit Kordelbortenabschluss. Unter der Evangelisten-Darstellung ist, ein ganzes Feld einnehmend, das Wappen des Grafen von Klot-Trautvetter, Hohendorf *22.X. 1834 + 13.IX. 1879, zu sehen, zu dessen Gedächtnis das Fenster gestiftet wurde. Über dem Wappen der Wahlspruch der Familie: RECTE ET ULTRA.
Die Sockelzone des Fensters wird von einer doppelten Spitzbogenarkade mit darüber liegender Balustrade aus Dreipassbögen gebildet. Unter jeder Spitzbogenarkade ist eine Anemone mit geöffneten und geschlossenen Blütenkelchen als allegorischer Hinweis auf Krankheit, Schmerzen und frühen Tod zu sehen.
* Dieser Text wurde nach der ursprünglichen Fassung von Reinhard KUHL: Glasmalereien des 19. Jahrhunderts Mecklenburg-Vorpommern zusammengestellt.